تا زمانیکه مدیریت مساجد برعهده اوقاف بود، با تمام مشکلات جزیی که مساجد داشتند، بازهم به نحو احسن مدیریت میشد. به نحوی که هیچ مسجدی تعطیل نشد. ولی متأسفانه از زمانیکه مساجد بر عهده ستاد امور مساجد گذاشته شد، نه تنها مشکلات جزیی گذشته حل نشد، بلکه بسیاری از مساجد، یا به تعطیلی کشانده شد و یا مشکل بزرگتری به مشکلات آنها اضافه شد.